Urochordata memiliki sistem organ yang khas dan disesuaikan dengan gaya hidupnya di laut. Meskipun sederhana, organ-organ ini sangat efisien untuk mendukung fungsi kehidupan mereka.
Sistem Pencernaan dan Respirasi
Organ pencernaan terdiri dari rongga faring besar yang berperan sebagai alat penyaring makanan. Faring ini memiliki celah-celah (stigmata) yang memungkinkan air mengalir dan partikel makanan tertangkap.
Sistem Sirkulasi
Sistem peredaran darah urochordata bersifat terbuka dengan jantung sederhana. Menariknya, arah aliran darah dapat berubah secara periodik, suatu fenomena unik di antara hewan laut.
Sistem Saraf dan Ekskresi
Sistem saraf terdiri dari ganglion sederhana yang mengontrol aktivitas dasar. Alat ekskresi berupa sel-sel nefrosit yang membantu dalam proses pengeluaran sisa metabolisme.