Meskipun memiliki potensi yang besar, pengembangan mikrohidro di Indonesia masih menghadapi sejumlah tantangan. Berbagai faktor teknis, sosial, dan ekonomi memerlukan perhatian khusus agar proyek mikrohidro dapat berjalan secara berkelanjutan.

Keterbatasan Infrastruktur

Banyak lokasi potensial mikrohidro berada di daerah terpencil yang sulit dijangkau. Kurangnya infrastruktur jalan dan transportasi menyulitkan pengangkutan material dan alat berat ke lokasi proyek.

Pembiayaan dan Investasi

Pengadaan dana untuk pembangunan mikrohidro sering menjadi kendala karena biaya awal yang cukup besar. Diperlukan keterlibatan pemerintah dan sektor swasta untuk mendukung pendanaan proyek ini.

Pemeliharaan dan Sumber Daya Manusia

Kurangnya tenaga ahli lokal dalam pemeliharaan sistem mikrohidro juga menjadi tantangan. Pelatihan dan transfer teknologi sangat penting untuk memastikan keberlanjutan operasional.