Lihat sumber Metode Molekuler dalam Filogeni

Metode molekuler telah merevolusi studi filogeni dengan memungkinkan ilmuwan membandingkan [[DNA]], RNA, dan protein berbagai organisme. Dengan membandingkan sekuens molekuler, peneliti dapat menyusun hubungan kekerabatan yang lebih akurat dibandingkan hanya menggunakan morfologi. Hal ini mempercepat pemahaman tentang evolusi organisme di seluruh [[kingdom]].

== Analisis Sekuens DNA ==
Analisis sekuens DNA adalah metode utama dalam filogeni molekuler. Dengan mengurutkan basa-basa nitrogen pada [[gen]], ilmuwan dapat mengidentifikasi kesamaan dan perbedaan genetik antara spesies.

== Penggunaan Marker Molekuler ==
Marker molekuler seperti [[mitokondria DNA]] dan [[ribosomal RNA]] sering digunakan karena memiliki laju evolusi yang relatif stabil. Marker ini memudahkan peneliti menelusuri hubungan jauh maupun dekat antar organisme.

== Keunggulan dan Tantangan ==
Metode molekuler menawarkan presisi tinggi, tetapi juga menuntut teknologi dan analisis statistik yang canggih. Tantangan utama meliputi [[konvergensi evolusi]] dan [[homoplasia]], yang dapat menyebabkan interpretasi data menjadi rumit.