Lihat sumber Dampak Negatif Denitrifikasi

Meskipun denitrifikasi memiliki banyak manfaat, proses ini juga dapat memberikan dampak negatif terhadap lingkungan dan pertanian. Denitrifikasi tidak hanya menghasilkan gas nitrogen, tetapi juga produk sampingan lain yang dapat menjadi masalah. Memahami dampak negatif ini penting dalam pengelolaan lingkungan.

== Emisi Gas Rumah Kaca ==
Salah satu produk sampingan denitrifikasi adalah [[dinitrogen oksida]] (N2O), yang merupakan [[gas rumah kaca]] kuat. Emisi N2O dari tanah pertanian dapat berkontribusi terhadap [[perubahan iklim]].

== Kehilangan Nitrogen dari Tanah ==
Dalam [[pertanian]], denitrifikasi dapat menyebabkan hilangnya nitrogen yang dibutuhkan tanaman, sehingga menurunkan efisiensi penggunaan pupuk dan hasil panen.

== Potensi Polusi Lain ==
Jika tidak dikelola dengan baik, proses denitrifikasi juga dapat menghasilkan senyawa berbahaya lain seperti [[nitrit]] (NO2-) yang bersifat toksik.