Lihat sumber Dampak Lingkungan Mikrohidro

Pembangunan sistem mikrohidro umumnya dianggap lebih ramah lingkungan dibandingkan pembangkit listrik berskala besar. Meski demikian, tetap ada beberapa dampak lingkungan yang harus diperhatikan dan dikelola dengan baik.

== Pengaruh terhadap Ekosistem Air ==
Instalasi mikrohidro dapat mempengaruhi [[ekosistem air]] dengan mengubah pola aliran dan habitat biota setempat. Oleh sebab itu, diperlukan desain intake dan saluran pembuangan yang ramah lingkungan.

== Pengelolaan Limbah dan Konstruksi ==
Selama pembangunan, limbah konstruksi dan material sisa harus dikelola agar tidak mencemari lingkungan. Penggunaan [[bahan ramah lingkungan]] sangat dianjurkan.

== Konservasi dan Edukasi ==
Proyek mikrohidro sering disertai dengan program [[konservasi]] dan edukasi lingkungan untuk meningkatkan kesadaran masyarakat akan pentingnya menjaga kelestarian sumber air.